但从各地陆续开展的工作及文献资料来看，水生态监测大多是从水生态系统维度出发，对生态环境中的各要素、生物与环境之间的关系、生态系统结构和功能进行监测，既包括常规水质监测，也包括水生生物监测、水文监测等。
关于水生态监测的具体指标体系，目前尚无统一标准。参考北京水文总站近年来的数据，其将水生态监测的指标分为生境、理化、生物三种指标类型。生境指标如水深、水面面积、滨岸带植被情况、更新周期等;理化指标则诸如水温、溶解氧、氨氮、总磷等常用水质指标;生物指标则包括鱼类、水生植物、浮游植物、浮游动物等种类、数量等。
北京市2020年发布的《水生态健康评价技术规范》，亦将上述指标体系明确为水生态监测的内容，形成了相对完整的地方标准。
为什么要进行深圳水质监测?
一直以来，在评价河湖水资源质量时，基于理化指标的水质监测是应用Zui为广泛的方法，很早就被作为管理工具用于水资源保护工作。
水质监测评价简单高效，也符合彼时水治理水保护的任务要求。但随着我国治水矛盾的转变和新时期治水目标的要求，仅通过若干理化指标评判水体好坏的方式就显得过于单薄。
2019年1月，水利部部长鄂竟平在全国水利工作会议上表示，当前我国治水的主要矛盾已经从人民群众对除水害兴水利的需求与水利工程能力不足的矛盾，转变为人民群众对水资源水生态水环境的需求与水利行业监管能力不足的矛盾。
深圳作为一个缺水城市，却是一个用水大市，居民的生活，工业生产都需要大量的水资源。深圳水质监测机构则需要时刻监测深圳水资源生态环境是否哟污染，监测理化，生物，病毒等各类指标。确保深圳市用水安全。
“十四五”时期，生态环境部以生态文明思想为指引，明确提出了新阶段的治水目标：有河有水、有鱼有草、人水和谐。可以毫不夸张地说，这一目标的提出，也标志着水治理、水修复工作从以往单维度的理化指标考核向多维度的水生态健康考核的一次质的跃进。
水生态监测是一种系统思维、生态思维，是衡量水体是否健康、生态系统是否完善的重要标准。
从根本上讲，水生态监测的目的，是为了水生生物多样性、水生态健康以及Zui终的人类健康而服务。
